南京市莫愁中等专业学校开设五年制高职（大专）和三年制中专两大办学层次，有药物制剂技术、药品质量检测技术、医用电子仪器与维护、计算机应用技术、动漫设计与制作、古籍修复、机电技术应用、电子与信息技术、电子商务、酒店服务与管理、电脑美术设计、连锁经营与管理等专业，其中“药剂”、“医用电子仪器与维护”、“电脑美术设计”专业是江苏省示范专业。

南京市莫愁中等专业学校校园环境优美，设施一流。教室都配备多媒体教学设备，建有数十个专用实验室、实习操作室、微机房；建有校园闭路电视系统和计算机网络系统，学校高度重视实验、实训和实习基地建设，拥有各类实验实训基地12个，其中“药剂”、“古籍修复”为省级职业教育实训基地，为学生提供了良好的实训条件。

南京市莫愁中等专业学校有教职员工近200人，超过94%的教师拥有本科学历，具有研究生学历的占28%，中级及以上职称教师达80%以上。有南京市“十佳双师型”教师1名，市级学科带头人8名，市优秀青年教师8名，区级学科带头人8名，区优秀青年教师14名，其中双师型教师占67%。